ما أن انتهى جيش الفتح الإسلامي من تحرير بلاد الشام ومن بينها الأردن ، حتى قسمت البلاد إلى أجناد حسب تقسيمها أيام البيزنطيين ، فأصبحت خمس كور إدارية كل كورة تسمى جند وهي : جند فلسطين وعاصمته الرملة وجند الأردن وعاصمته طبرية وجند دمشق وجند حمص وجند قنسرين ، وقد ضم جند دمشق من شرقي الأردن ؛ كورة ظاهر البلقاء وكورة جبل الغور وكورة مآب وكورة الجبال وكورة الشراة وكورة بصرى وكورة عمان . فيما ضم جند الأردن ، كورة طبرية وكورة السامرة وكورة بيسان وكورة فحل وكورة جرش وكورة بيت راس وكورة جدر وكورة آبل وكورة سوسية وكورة صفورية وكورة عكا وكورة صور وكورة قدس ورستاقها جبل عاملة في الجليل وكورة السواد وكورة أريحا وكورة زغر وكورة عمتا ( دير علا) وكورة حبيس وكورة الناصرة وكورة اللجون وكورة اذرعات ورستاقها جبل جرش . وكانت بعض الكور تفصل من جند وتضم للأخر في فترات مختلفة . وقد كان كل جند يقبضون مستحقاتهم ورواتبهم من مركز الجند ، حتى انه لما توجه عمرو بن العاص إلى مصر وضم جيشه جندا من مختلف الأجناد كان معهم من يقبضون كل جند رواتبهم بشكل منفصل ، فقد كان يزيد بن الأسد الجبلي على جند دمشق وشمر الخثعمي على جند فلسطين وأبو الأعور السلمي على جند الأردن وكان مع معاوية بن حديج لفيف من شتى الأجناد . وفرض الخليفة عمر بن الخطاب في هذه الأجناد الفروض ودون الدواوين ووضع القضاة ، وجباة الخراج والعشور والجزية ، ومنع التصرف بالأرض المفتوحة ببيع أو غيره ، وأبقاها بأيدي المزارعين .
وقد استقرت في الأردن بعد الفتح عدد من القبائل العربية منها عدد من القبائل التي كانت به قبل الفتح ومن أهمها: قبيلة جذام التي كانت تقف على قدم المساواة مع مملكة كندة وغسان ، فكانت تنتشر في حسمى شرقي العقبة قرب وادي رم والنقب وجبال الشراة ومعان وما حولها ورم وميفعة ( أم الرصاص)والفضافض ووادي اليتم والبلقاء وكراع ربة والزرقاء وطبرية واللجون واليامون وعكا وبيت جبرين وغزة والداروم وايلياء أي القدس ، ومن عيون ومياه جذام بديعة والسلاسل وعفراء ومعين ونعمان والمروت ومن جبالها جبل عراد والشوق ، ومن ابرز بطون جذام بنو مهدي في البلقاء وبنو صخر وبنو عباد وبنو عقبة . كما استقر في الأردن الغساسنة أو بنو غسان الذين كانوا في مؤتة وشراف والحسا ومعان والشراة وغرندل وحسمى ومآب وعمان والبلقاء وأذرح والقسطل وبيت راس واليرموك ومن آثار الغساسنة صرح الغدير وحمام عمر بن جفنة وقصر باير وقصر معان وقصر القسطل . كما استقرت في الأردن قبيلة قضاعة ومن مراكزهم في الأردن في أيلة (العقبة) وذات اطلاح في الطفيلة وذات السلاسل في وادي عربة . أما لخم فقد استقرت في الأردن ما بين تبوك وزغر قرب البحر الميت وفي الجولان وحوران ونوى وأطراف الشراة . كما استقرت في الأردن قبيلة جهينة ما بين برية الحجاز وأيلة( العقبة) . كما استقرت بعض بطون قريش بعد الفتح في شرقي الأردن في أيلة (العقبة) وفي الشراة والحميمة ومعان وعمان التي سكنها بنو مخزوم . ومن القبائل التي استقرت في الأردن بعد الفتح قبيلة طي في بادية الأردن الشرقية . وثقيف في البلقاء وقيس في عمان ومرة وفزارة في البلقاء وحسمى وذبيان في الشراة وسواد الأردن والحيانيات أي جرش والقريات . كما استقرت قبيلة القين وبلقين في الحيانيات وفي العالوك والربة وغرندل . وكذلك كنانة في زغر واليرموك وجند الأردن. وعاملة في جبل عاملة وجبال الجليل بجند الأردن . وعك . وهمدان . وبهراء حول أيلة وفي البلقاء . وكلب في أنحاء جند الأردن والبادية . وبلي في جنوبي الأردن وغرندل والحيانيات في كورة جرش . وسليح في الشراة والموقر وحوران . وعذرة من وادي القرى إلى البلقاء إلى أيلة . ومذحج. وخثعم . والاشعريين .
وقد حاول الرومان وحلفائهم تحريض أهل البلاد للخروج على الخليفة ، كما شرع البيزنطيون بحشد جيش كبير لغزو بلاد الشام ، مما اضطر الخليفة عمر أن يأتي بنفسه فاطمأن على الإجراءات التي اتخذها أبو عبيدة وعاد إلى المدينة .
وفي عام 17هـ 639م شهدت الجزيرة العربية قحطا شديدا حتى أن هذا العام عرف بعام الرمادة ، حيث جاع الناس وهلكت الماشية والإبل من قلة الرعي ، فأمر الخليقة عمر عامليه أبا عبيدة وعمرو بن العاص أن يرسلا الحبوب من بلاد الشام إلى الحجاز .
وفي نفس العام عزم الخليفة عمر على زيارة الشام ، ولما وصل إلى سرغ أي المدورة لقيه أمراء أجناد الشام ، واخبروه أن البلاد موبؤة بالطاعون ، فتردد قليلا ثم عزم على المسير لولا أن جاء إليه عبد الرحمن بن عوف وقال له : سمعت رسول الله (ص ) يقول : إذا سمعتم بهذا الوباء ببلد فلا تقدموا عليه ، وإذا وقع وانتم فيه فلا تخرجوا فرارا منه لا يخرجنكم إلا ذلك . فاقتنع عمر بهذا القول ورجع إلى المدينة.
وقد اشتدت وطأة الطاعون ببلاد الشام ومات به خلق كثير من أبو عبيدة عامر بن الجراح وضرار بن الأزور الكندي ودفنا في غور الأردن ، ثم توفي معاذ بن جبل ودفن في القصير بالشونة الشمالية . كما توفي بالطاعون يزيد بن أبي سفيان ، في دمشق . وشرحبيل بن حسنة الذي دفن أيضا بغور الأردن . فتولى الشام بعدهم معاوية بن أبي سفيان وكان معاوية من قبل على جند دمشق وبعلبك والبلقاء فشملت ولاية معاوية البلقاء والأردن والسواحل وإنطاكية وفيما بعد فلسطين إلى سنة 24هـ ثم استقلت البلقاء عن دمشق بولاية بذاتها.
وبعد انحسار مرض الطاعون من الشام جاء إليها عمر بن الخطاب ليعيد تنظيم إدارتها ويولي الولاة ويقسم الإرث ويواسي الثكالى واليتامى ويعين الفقراء والمحتاجين . فوصل إلى العقبة ونزل ضيفا على مطرانها .