هدفت حركة حماس من عملية طوفان الأقصى منع تصفية القضية الفلسطينية وتهميشها، وتسليط الضوء على الأوضاع في الأراضي الفلسطينية وقطاع غزة، من خلال إيقاف عمليات التطبيع بين الحكومات العربية والإسلامية والكيان الإسرائيلي، وهو ما سعت إليه الحكومة الأمريكية بشتى الطرق.

وبعد أن فشلت المفاوضات بين السلطة الفلسطينية والحكومة الإسرائيلية، أيقنت المقاومة الفلسطينية أنه لا جدوى من المفاوضات، وأنه حتما يتوجب عليها مواصلة المقاومة وإسترداد الحقوق.

وفي سياق آخر توجهت إسرائيل وأمريكا لدعم إستراتيجيات التطبيع مع الحكومات العربية والإسلامية لضمان الوجود الإسرائيلي في المنطقة ودمجه، وهذا سيؤدي إلى تهميش وتصفية القضية الفلسطينية، ومزيد من الظلم للشعب الفلسطيني، بالمقابل زيادة عوائد الكيان الإسرائيلي والدول المتحالفة معه مما سيجنيه من عمليات التطبيع في مختلف المجالات (السياسي، الاقتصادي ...).

لقد تم تجاوز الفلسطينيين عبر مسارات محلية وإقليمية ودولية، وتهميش واضح لحقوقهم وطلباتهم، والتركيز على أمن وسلام إسرائيل، فجاءت عملية طوفان الأقصى كرد قوي وصارم غير مسبوق ظهرت به قوة واستعدادات حماس، فقد كانت حربًا سيبرانية مائة بالمائة، تم تعطيل كافة الأجهزة واختراقها من خلال هجوم سيبراني متقن، وكشف عن قوة ومهارة حركة حماس ومدى التقدم والتطور في أساليب وتقنيات المقاومة، وظهور عهد جديد من المقاومة، والتحول من وضعية الدفاع إلى الهجوم المباشر في أرض العدو، وهذا لم يكن
بحسبان إسرائيل وحلفائها، مما دفعها إلى إعادة النظر في استراتيجياتها الحربية..

أما فيما يخص قضايا الأسرى، فقد أصبحت حماس صاحبة اليد العليا بهذا الملف المهم بعد احتجازها لعشرات الأسرى، وجاءت المعركة لتثبت مكانة حماس في المقاومة الفلسطينية، وتراجع ثقة الشعب الفلسطيني بالسلطة الفلسطينية، وعلى صعيد آخر أظهرت العملية توحد المقاومة الفلسطينية، حيث اتخذت موقفًا موحدًا، وعدم إدانة مباشر من قبل السلطة الفلسطينية، مما قد يقود إلى تغيير نوعي في طبيعة المقاومة الفلسطينية..

لقد نجحت عملية طوفان الأقصى في إحياء القضية الفلسطينية وتسليط الضوء عليها إقليميًا وإعلاميا، وظهر ذلك من خلال دعم الشعوب العربية والإسلامية والعالمية للقضية الفلسطينية، ومن خلال زيادة عدد محركات البحث الإلكترونية حول القضية الفلسطينية وقطاع غزة، وفيما يتعلق بموقف الحكومات العربية فقد التزم معظمها الصمت وطالبت بعدم التصعيد لسلامة وأمن المنطقة، دون إصدار أي قرارات أو بيانات قوية.

وفي سياق العملية رفضت الشعوب العربية والإسلامية عمليات التطبيع، وأنه من المستحيل للمحتل الاسرائيلي إزالة حماس ومحو القضية الفلسطينية، وبينت أنّ التطبيع يصب في صالح الدول العربية وإسرائيل أكثر مما يخدم القضية الفلسطينية، وسيؤدي إلى زيادة نفوذ الكيان الإسرائيلي في المنطقة العربية، مما يدعمها في تحقيق أهدافها بإقامة إسرائيل الكبرى ذات الهوية اليهودية وتشكيل البنية الأساسية للعهد القادم من الأجيال العربية ليعترفوا بالكيان الإسرائيلي كدولة صديقة وليس كعدو يجب ان يقاوم.