كل اجراء طبي محفوف بالمخاطر والمضاعفات مهما كان حجم هذا الاجراء، فعلاج العقم يشبه أي اجراء طبي فقد ينشأ عنه مضاعفات يكون لها خطورة على حياة المرضى.

إن أهم المضاعفات التي يجب التطرق إليها والحديث عنها هو متلازمة فرط الاستثارة، فكما هو معروف في مجال علاج العقم والمساعدة على الإنجاب يتطلب هذا العلاج حقن المريضة بالهرمونات ليتاح لها إنتاج بويضات متعددة وتلقيحها جميعاً إذا أمكن وذلك ليتسنى اختيار الأفضل منها، وهذا يتم عبر حقن المرضى بهرمونات من فصيلة (FSH,HMG) والتي تعمل على تحفيز المبايض لإنتاج أعداد كبيرة من البويضات، ولها فاعلية قوية في التحفيز رغم حرص الأطباء على تحديد وتقليل مفعولها وذلك عن طريق ضبط الكمية المعطاة للمرضى ولكن إمكانية السيطرة على مفعول هذا العقار لا تكون ممكنة دائماً، وهذا بدوره يؤدي إلى حدوث ما يسمى بفرط الاستثارة أي أن حجم المبايض يصبح أكبر ويتم افراز سوائل داخل جوف البطن، يرافقها ظهور بعض الأعراض الجانبية كأوجاع البطن وضيق التنفس، وهذا الوضع يشمل معظم الحالات العلاجية ولكنه يكون أكثر شدة عند بعض المرضى من غيرهم، مما قد يتطلب التدخل الطبي وعلاج المريضة سريرياً، وقد يصل الأمر أحياناً إلى إدخالها قسم الإنعاش والعناية الحثيثة للتزود بالسوائل والأدوية المميعة للحماية من الجلطات ومراقبة وظائف بعض الأعضاء كالكلى والكبد والرئة.

وعند الحديث عن المضاعفات الأخرى التي قد تحدث فمن ابرزها تعدد الحمل، إذ يقوم الأطباء بإرجاع جنينين أو أكثر داخل الرحم، وهنا يجب الحذر الشديد نظراً لوجود اعتقاد شائع بأن إرجاع أكبر عدد من الأجنة يزيد من نسبة نجاح العملية وفرصة أكبر لحدوث الحمل، وهذا اعتقاد خاطئ فهناك توجه عالمي لإرجاع جنين واحد أو اثنين فقط، وذلك لتجنب حدوث تعدد حمل خوفاً من التبعات والآثار الجانبية السلبية والمشاكل التي قد تحدث أثناء الحمل والولادة، كما ان نسبة الولادة المبكرة لهؤلاء الأطفال عالية، وتكون مصحوبة بمخاطر كثيرة على حياة الطفل وصحة الأم، لذا يجب الابتعاد عن ثقافة التباهي والتفاخر بوجود ثلاثة أطفال أو أكثر، فهذا ليس نجاح طبي بل إخفاق كبير من الناحية الطبية.

أما بالنسبة للمضاعفات الأخرى التي قد تحدث أثناء سحب البويضات فهي قليلة جداً ويمكن معالجتها بسرعة وسهولة كالنزيف مثلاً.

ويعتبر الوضع النفسي للمريضة من أكثر المضاعفات شدة فهو عادةً ينشأ نتيجة فشل المحاولة العلاجية والذي يفاجئ الكثير من المرضى كون آمالهم في نتائج العلاج مبالغ بها سواءً من طرفهم أو من المعلومات التي وصلت إليهم من قبل الفريق المعالج أو المطالعة حوله على مواقع الانترنت المختلفة.