في سنة 655هـ 1257م قتلت شجرة الدر زوجها عز الدين أيبك ، فأقام المماليك الأتراك أستاذهم ابنه نور الدين علي ولقبوه بالملك المنصور ، وجعلوا الأمير سيف الدين قطز اتابكا له ، وقتلوا شجرة الدر . وقد كانت الكرك مقرا للمماليك البحرية ومنهم بيبرس . وفي هذه الأثناء تعرضت البلاد للغزو المغولي ، فطلب هولاكو من الأمراء الأيوبيين في الشام والسلطان المملوكي في مصر إعلان الاستسلام والخضوع ، فتخاذل الأمراء ، فقام الاتابك قطز بتولي الزعامة والسلطنة وعزل الملك المنصور في 657هـ1259م وصالح المماليك البحرية الذين كانوا عند الأيوبيين في الشام والكرك ، ومنهم الأمير ركن الدين بيبرس والملك الأيوبي المنصور صاحب حماة ، فالتقوا مع قوات التتار في عين جالوت في 25 رمضان 658هـ3 أيلول 1260م فمزقوا صفوف التتار وانتصروا انتصارا حاسما عليهم . إلا أن المماليك قتلوا الملك المظفر قطز وهو في طريق عودته إلى القاهرة بعد عين جالوت ، فتولى السلطنة الظاهر ركن الدين بيبرس سلطانا على مصر والشام ، واستمر الصراع بين الكرك والقاهرة الى أن تمكن بيبرس من السيطرة عليها بعد سنتين ونصف أي في سنة 658هـ وبذلك انتهت إمارة الكرك الأيوبية ودخلت شرقي الأردن في فلك دولة المماليك سنة 1263م.
وقد رمم بيبرس قلعة الكرك سنة 1263م وحصنها وبنى البرج الجنوبي في القلعة وزاد في ارتفاعه وأودع كنوزه من الذهب فيها ، ونقل إليها الأسلحة والمنجنيقات ، وجعلها معقلا لأبنائه يحتمون بها وقت الشدة . وقد عمر الظاهر بيبرس مسجد جعفر الطيار في المزار ووسعه وزاد في أوقافه ، وبنى قبة على قبر الصحابي أبو عبيدة عامر بن الجراح في الغور ، ورمم قلعة الشوبك وقلعة عجلون التي جعلها معتقلا لخصومه السياسيين الى عام 1274م ، وعمر قلعة السلط وبنى الجسور والقناطر على نهر الأردن كجسر دامية .
وزار السلطان بيبرس شرقي الأردن خاصة الكرك وعجلون والشوبك عدة مرات في السنوات 1266م و 1268م و 1269م و 1271م و1274م . وفي674هـ 1276م ثارت الكرك ضد القاهرة في محاولة لإعادة الحكم الأيوبي وجعلها عاصمة للدولة الأيوبية ، فتوجه إليها الظاهر بيبرس بنفسه ودخل الكرك بغتة فاستدعى المماليك الثائرين وعددهم ستمائة وأمر بقتلهم جميعا ، إلا انه اكتفى بطردهم من الكرك الى مصر ، ونقل مماليك غزة الى الكرك وبعدة إقامة استمرت ثلاثة أشهر في الكرك عاد بيبرس الى القاهرة . وقد لقي الظاهر بيبرس حتفه في دمشق سنة 676هـ1277م ، وأعلن موته في القاهرة ونصب ابنه الملك السعيد سلطانا . وفي سنة 677هـ1279م قاد الأمير سيف الدين قلاوون الصالحي انقلابا على الملك السعيد ، فتخلى عن المملكة مقابل إقطاع أخيه خضر الشوبك وأعمالها ، وأرسل إلى الكرك وتولى السلطنة قلاوون ، ثم ما لبث أن ثار أبناء الظاهر بيبرس في الكرك سنة 678هـ1280م ، وبقيت الكرك مستقلة عن السلطنة الى سنة الى سنة 685هـ1286م اي دام استقلال الكرك زهاء 7 سنوات .
اهتم السلطان قلاوون بمنطقة شرقي الأردن ، خاصة عجلون والصلت والكرك والشوبك ، للأهمية الإستراتيجية لموقع الأردن بالنسبة لقوافل التجارة والحجاج . فأقام السلطان قلاوون مراكز لنجدة المنقطعين منهم بالمؤن والماء والجمال وانشأ خان الحسا وخان القطرانة وخان قياد أي ضبعة ، كما اهتم بالكرك التي تسلمها من أبناء الظاهر بيبرس فحمل إليها الذخائر والمؤن . وخرج الى الكرك بنفسه في رجب سنة 685هـ آب 1286م فأكرم أهل الكرك ورتب أحوال العربان ونقل الأموال والغلال والأسلحة للقلعة ، وحمل إليها جمعا كبيرا من المماليك السلطانية المنصورية لحفظ حوزتها وتكثير ميرتها وجدد بعض أركان القلعة . ثم أمر بتنصيب الأمير الظاهر دوادارا في نيابة الكرك ، وانعم السلطان قلاوون على نائبها الجديد بإمرة مائة فارس ، وانعم عليه بإقطاع وجعل في خدمته ثمانين طواشيا وهي ميزة خاصة لنائب الكرك . ثم قفل السلطان عائدا الى غزة ثم الى مصر .
وفي ذلك يقول ابن عبد الظاهر :
فلم تك تصلح إلا له ===== ولم يك يصلح إلا لهــا
ولو رامها ملك غيره ===== لزلزلت الأرض زلزالها
وقد اعتل الملك المنصور قلاوون بينما كان يستعد لغزو عكا ، ففاضت روحه إلى بارئها في السادس من ذي القعدة سنة 689هـ 10 تشرين الثاني 1290م ، ولكن الملك استمر في عائلة قلاوون قرابة المائة عام تقريبا .